Restauratie vensters en topgevels
De hoger gelegen vensters van het Hoogkoor bevonden zich al jaren in een slechte staat. Het loodwerk was op diverse plaatsen ernstig verweerd en bij harde wind sloeg het regenwater er doorheen met schade aan het stucwerk als gevolg. Dankzij een subsidie van de Gemeente Den Haag "Projecten Stadsvernieuwing ter beperking van de gevolgen van de economische recessie" konden de vensters worden gerestaureerd. Om de glas-in-lood-ramen beter te beschermen is in overleg met Monumentenzorg gekozen voor 'museaal glas' hetgeen inhoudt dat er aan de buitenzijde voorzetglas is geplaatst. De werkzaamheden zijn uitgevoerd in de maanden mei t/m augustus 2009 door Glas Atelier Oud Rijswijk B.V.
Om de hoger gelegen vensters van het Hoogkoor te kunnen restaureren was het noodzakelijk zowel binnen als buiten steigers te plaatsen. Ter voorkoming van stof en wind zijn de binnensteigers voorzien van semitransparante folie. Tevens zijn stofschotten tegen het plafond aangebracht. Tijdens de restauratie konden evenementen doorgang vinden. Daartoe zijn de steigers met pipes & drapes zoveel mogelijk aan het gezicht onttrokken.
Alvorens de vensters uit te nemen, zijn de glas-in-lood panelen genummerd zodat deze later op hun originele locatie konden worden teruggeplaatst. Vervolgens zijn alle panelen overgebracht naar het glasatelier te Zoetermeer. Daar werden zij ontdaan van verteerde loodslabben en schoongekrabd. De loodverbindingen en beschadigde ruitjes zijn hersteld c.q. vernieuwd. Tevens zijn de panelen gevat in een messing profiel. Met speciale apparatuur zijn de tussenruimtes tussen de (vork)montanten opgemeten. Op basis hiervan zijn mallen gemaakt en is het voorzetglas gesneden. Het voorzetglas is geplaatst waar vroeger het glas-in-lood zich bevond. De gerestaureerde glas-in-lood panelen zijn iets naar binnen geplaatst. Deze opstelling wordt bij dit soort monumenten vaker toegepast en is een door de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed goedgekeurde procedure. Met het voorzetglas zijn de prachtige glas-in-lood vensters goed beschermd tegen invloeden van buitenaf. Bovendien levert het voorzetglas een bijdrage aan de energiebesparing.
Het stucwerk rond de vensters bleek op veel plaatsen door vochtdoorslag te zijn aangetast. Deze delen zijn uitgehakt en voorzien van een nieuwe stuclaag. De binnenzijde van het Hoogkoor is opnieuw geverfd.
Naast de restauratie van de vensters is het voegwerk van de topgevels van het schip gerestaureerd. Hiertoe stond de buitenzijde van het schip van september 2009 tot en met januari 2010 in de steigers. Tevens is het door roest aangetaste rooster voor het Jan de Bakkerraam verwijderd en zijn traceringen waar nodig gerepareerd en muurankers geconserveerd. De werkzaamheden liepen vertraging op door de vorstperiode die eind december 2009 inzette.
Tenslotte is ook aan de westzijde een venster voorzien van voorzetglas. Hoewel het glas-in-lood zich in een nog redelijk goede conditie bevond, was ook hier sprake van vochtdoorslag en beschadiging van stucwerk.
Tijdens de restauratie bracht Minister Ronald Plasterk op 24 augustus 2009 een bezoek aan de Grote Kerk in het kader van de ondertekening van een nieuwe subsidieregeling, waarna hij met ware doodsverachting op het dak van de kerk klauterde om te zien hoe dit monument werd opgeknapt.